公司不按时纳税申报的后果有：
1、不按时限纳税申报，情节较轻的，除补缴税款外，税务机关将对企业会罚款，如果超期更长的，将还会加收滞纳金；
对于情节严重的，税务机关将根据情节严重程度，出于相应的更高金额的罚款。
2、连续3个月不到税务登记机关纳税申报的，税务登记机关将对该企业的税务登记证给于注销的处理。
3、公司所有股东的身份证信息将被相关登记机关收录，进入黑名单。对以后的贷款、再次投资创业、出国等都将受到影响
【法律依据】根据《税收征管法》第二十五条：纳税人、扣缴义务人按照法律、行政法规或者税务机关依照法律、行政法规的确定的期限，缴纳或者解缴税款。
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